1. التدقيق والرقابة المالية بهدف التأكد من صحة وسلامة سير الأمور المالية في الجامعة.
2. اختبار دقة العمليات والبيانات المالية المثبتة في السجلات لتقرير مدى تطابقها مع القوانين والأنظمة والتعليمات،وأيضا التأكد من أن القرارات الإدارية ذات الأثر المالي يتم تنفيذها بدقة وفقا للأنظمة النافذة.
3. دراسة وفحص مختلف القوانين والأنظمة والتعليمات والقرارات والإجراءات المالية المعمول بها في الجامعة،وتحديد أوجه النقص والقصور فيها إن وجدت،واقتراح التوصيات ورفعها لإدارة الجامعة لاتخاذ المقتضى القانوني الملائم.
4. التدقيق والرقابة الإدارية ومتابعة سير العملية الإدارية في الجامعة وسلاستها ووضوحها وسلامة إجراءاتها وتسلسلها.
5. التحقق من أن كافة القرارات الإدارية متوافقة مع الأنظمة والتعليمات النافذة.
6. التدقيق والرقابة الفنية على المعاملات والإتفاقيات والقرارات والأنشطة الفنية والتأكد من انسجامها مع منظومة التشريعات النافذة والأدلة والإجراءات المعتمدة،ويشمل التدقيق على أعمال اللوازم والعطاءات والعيادات والخدمات والصيانة والمكتبات والكافتيريات وغيرها للتحقق من سلامة الموارد والأصول ذات الطبيعة الفنية،والتوزيع الأمثل لهذه الموارد.
7. متابعة تنفيذ القرارات والسياسات العامة للجامعة،وتوصيات دوائر وحدة الرقابة لضمان تحقيق أعلى درجات الأداء الوظيفي ورفع سوية العمل بكافة جوانبه.
8. تشخيص المشكلات القائمة وتقديم التوصيات بالإجراءات التصحيحية والحلول.
9. إبداء الرأي في أي موضوع (مالي أو إداري أو فني) بناء على طلب الرئيس.

وللجهاز الحق بتدقيق اي مستند او سجل لقيامة بالمهام الموكلة الية.

• تمارس وحدة الرقابة مهامها بناء على طلب مجلس الأمناء أو الرئيس وتكون الرقابة سابقة أو لاحقة بشكل كامل تفصيلي أو اختياري ومتابعة القرارات وتصويبها وفقا للقواعد المقررة وحسب طبيعة ومنهاج التدقيق المقرر.
• إن المعلومات التي يحصل عليها موظفو وحدة الرقابة نتيجة قيامهم بأعمالهم،وكذلك التقارير التي يرفعونها إلى المدير تكون سرية.
• يجب أن تلتزم الجهات التي توجه لها التقارير عن طريق الرئيس بالرد خلال مدة أربعة عشر يوما من تاريخ وصول هذه التقارير إليها.