كانت مدرسة الشوبك الثانوية الزراعية هي النواة الأولى، حيث بدأ التدريس في هذه المدرسة اعتبارا من العام الدراسي (1965/1966) كمدرسة زراعية هي الوحيدة في محافظة معان، ونتيجة للتوسع التعليمي الذي شهادته المملكة أنشات وزارة التربية والتعليم في عام (1975) معهداً لإعداد المعلمين الزراعيين، وذلك بهدف إعداد معلمين متخصصين في المجال الزراعي، حيث تخرج منه (330) طالباً حتى عام (1980)، بعد ذلك ألغي هذا المعهد وحل محله كلية مجتمع الشوبك، وذلك بعد أن تبنت وزارة التربية والتعليم مفهوم كليات المجتمع وكان ذلك عام (1980/1981).

وبعد صدور الإرادة الملكية السامية بتأسيس جامعة البلقاء التطبيقية في السابع من ربيع الثاني سنه 1417هـ، الموافق 22/آب/1996، واعتباراً من 1/1/1999 أصبحت كلية الشوبك الجامعية إحدى كليات جامعة البلقاء التطبيقية.

وتركز الجامعة على النهوض بالمستوى الأكاديمي والعلمي لهذه الكلية، من خلال توفير الكوادر التدريسية من حملة الشهادات العليا في مختلف التخصصات العلمية والإنسانية، وإنشاء المختبرات العلمية الحديثة، وتزويد هذه المختبرات بالأجهزة والوسائل التعليمية التكنولوجية الحديثة، وتوفير كافة المستلزمات الفنية لها، وتشجيع البحث العلمي وتطويره